Deeplex para la predicción de la resistencia de M. tuberculosis y la identificación de MNT
Un ensayo basado en secuenciación profunda para la predicción de la resistencia de M. tuberculosis a 15 antibióticos y la identificación de MNT
Deeplex® Myc-TB es un ensayo innovador para la detección de Mycobacterium tuberculosis basado en la secuenciación de nueva generación, con un tiempo de respuesta inferior a 48 horas y aplicable directamente en muestras clínicas.
Nuestra prueba predice la farmacorresistencia extensiva (XDR), tal y como la ha redefinido recientemente la Organización Mundial de la Salud, que combina la resistencia a cualquier fluoroquinolona, a la bedaquilina y/o al linezolid, además de la resistencia a la rifampicina o a la rifampicina y la isoniazida (multirresistencia).
El kit también permite la identificación de más de 100 micobacterias no tuberculosas a nivel de (sub)especie o complejo de especies, incluidas la mayoría de las especies clínicamente relevantes, como M. kansasii, M. intracellulare y el complejo M. avium .
Descubra las micobacterias identificadas por Deeplex
Lista de micobacterias incluidas en la base de datos hsp65 de Deeplex® Myc-TB para Mycobacterium tuberculosis predicción de resistencia a complejos. La identificación de las especies de micobacterias destacadas se confirmó mediante una referencia independiente, como se describe en Dai et al., J Clin Microbiol, 2011.
M. abscessus (subsp abscessus, bolletii)
M. africanum
M. agri
M. aichiense
M. algericum
M. alvei
M. aromaticivorans
M. arosiense
M. arupense
M. asiaticum
M. aubagnense
M. aurum
M. austroafricanum
M. avium (subsp avium, paratuberculosis, silvaticum)
M. boenickei
M. bohemicum
M. botniense
M. bouchedurhonense
M. bourgelatii
M. bovis
M. bovis BCG
M. branderi
M. brisbanense
M. brumae
M. canariasense
M. canettii (CIPT140010059, STB-D, E, G, H, I, J, K, L)
M. caprae
M. celatum
M. chelonae
M. chimaera
M. chitae
M. chlorophenolicum
M. chubuense
M. colombiense
M. conceptionense
M. confluentis
M. conspicuum
M. cookii
M. cosmeticum
M. crocinum
M. diernhoferi
M. doricum
M. duvalii
M. elephantis
M. europaeum
M. fallax
M. farcinogenes
M. flavescens
M. florentinum
M. fluoranthenivorans
M. fortuitum (subsp acetamidolyticum, fortuitum)
M. fragae
M. frederiksbergense
M. gadium
M. gastri
M. genavense
M. gilvum
M. goodii
M. gordonae
M. haemophilum
M. hassiacum
M. heckeshornense
M. heidelbergense
M. hiberniae
M. hodleri
M. holsaticum
M. houstonense
M. immunogenum
M. insubricum
M. interjectum
M. intermedium
M. intracellulare
M. kansasii
M. komossense
M. kubicae
M. kumamotonense
M. kyorinense
M. lacus
M. lentiflavum
M. lepraemurium
M. leprae
M. llatzerense
M. madagascariense
M. mageritense
M. malmoense
M. mantenii
M. marinum
M. marinum M
M. marseillense
M. massiliense
M. microti
M. monacense
M. montefiorense
M. moriokaense
M. mucogenicum
M. murale
M. nebraskense
M. neoaurum
M. neworleansense
M. onchromogenicum
M. noviomagense
M. novocastrense
M. obuense
M. pallens
M. palustre
M. paraffinicum
M. parafortuitum
M. parascrofulaceum
M. paraseoulense
M. parmense
M. peregrinum
M. phlei
M. phocaicum
M. porcinum
M. poriferae
M. pseudoshottsii
M. psychrotolerans
M. pulveris
M. pyrenivorans
M. rhodesiae
M. riyadhense
M. rufum
M. rutilum
M. salmoniphilum
M. saskatchewanense
M. scrofulaceum
M. sediminis
M. senegalense
M. senuense
M. seoulense
M. septicum
M. setense
M. sherrisii
M. shimoidei
M. shinjukuense
M. shottsii
M. simiae
M. smegmatis
M. sphagni
M. stomatepiae
M. szulgai
M. terrae
M. termoresistibile
M. timonense
M. tokaiense
M. triplex
M. triviale
M. tuberculosis complejo
M. tusciae
M. ulcerans
M. vaccae
M. vanbaalenii
M. vulneris
M. wolinskyi
M. xenopi
M. yongonense
Alta precisión demostrada en una amplia gama de especies de MNT
Basándose en la identidad de secuencia del gen hsp65 , la precisión de la identificación de MNT de Deeplex® Myc-TB se ha probado en 73 especies diferentes de MNT en la secuenciación profunda de amplicones para la predicción sin cultivo de la susceptibilidad o resistencia a 13 fármacos antituberculosos, Jouet A et al., Eur Respir J, 2020, con más del 93% de cepas identificadas de forma concordante a nivel de (sub)especie o complejo de especies tanto por las pruebas de referencia como por las de Deeplex® Myc-TB.
Identificación de especies de micobacterias no tuberculosas mediante Deeplex® Myc-TB frente a la identificación de referencia
Los resultados se basaron en el análisis de la mejor coincidencia de hsp65 , complementado con la detección específica de SNP en las dianas 16S(rrs) y 23S rDNA(rrl) para las cepas de M. kansasii y M. chelonae, mientras que la identificación de referencia se basó en los resultados de la secuenciación Sanger de rpoB y/o 16S rDNA, el perfil fenotípico y/o el estado de la cepa tipo. El número de aislados estudiados por taxón (complejo, especie o subespecie) es proporcional al tamaño de los círculos asociados.
FM-A, FM-C: Coincidencia completa al mismo nivel taxonómico (complejo, especie o subespecie), FM-B: Coincidencia completa a nivel de (sub)especie pero con una mezcla clonal identificada por Deeplex®, MD: Coincidencia a nivel de complejo, subnivel proporcionado por Deeplex®, M-E: Coincidencia a nivel de complejo, subnivel proporcionado por la referencia, M-F: Coincidencia a nivel de complejo, subespecie diferente, PM: Coincidencia parcial, varias especies posibles identificadas por Deeplex®, NM: Sin coincidencia. Los taxones de micobacterias no tuberculosas están ordenados filogenéticamente, según Tortoli et al. Infect Genet Evol 2019;75:103983.
El 6% restante de las cepas, que tenían resultados taxonómicamente discordantes incluso a nivel complejo entre ambos métodos, consistían en su mayoría en casos únicos discordantes entre cepas por lo demás parcial/totalmente concordantes para una especie o especies raramente implicadas en infecciones.
Sin embargo, para algunos de estos pocos aislados individuales de especies por lo demás bien identificadas, la exactitud de la identificación Deeplex® Myc-TB era en realidad a menudo posible o probable, ya que se observaron identificaciones contradictorias o ambiguas entre las sondas de referencia rpoB y 16S ADNr, coincidiendo una u otra parcial o totalmente con el resultado Deeplex® Myc-TB. Lo mismo ocurría a menudo con los aislados residuales con subespecies discrepantes dentro de un complejo coincidente.